Σε ασθενείς με λιθίαση εναμμώνιου φωσφορικού μαγνησίου και καρβονικού απατίτη που προκαλούνται από μικροοργανισμούς (πρωτέας, σταφυλόκοκκος, κλεμπσιέλλα και ψευδομονάδα) που διασπούν την την ουρία των ούρων η χειρουργική απομάκρυνση του λίθου πρέπει να γίνεται το συντομότερο.
Αντιβιοτικά πρέπει να χορηγούνται ανάλογα με το τύπο αντοχής και συνιστάται θεραπεία μακράς διάρκειας με σκοπό την εκρίζωση της λοίμωξης.